Děj Syndicate je zasazen do roku 2069 a hráči navštíví temný machiavelistický svět, v němž zkolabovaly všechny formy vlády a o dominanci nad místními trhy bojují mocné syndikáty. Nejbrutálnější boj o hlavní americký trh probíhá mezi třemi největšími megakorporacemi - Eurocorp, Cayman Global a Aspari, o jejichž úmyslech a odhodlání si nikdo nedovoluje pochybovat. Ve světě Syndicate je vše včetně lidí digitálně propojeno a hráči tak nejsou omezeni pouze na boj s klasickými zbraněmi.

Prostřednictvím technologie implantovaného biočipu DART 6 mohou zpomalit tok času a pronikat do okolního digitálního světa s cílem odstranit protivníky pomocí mnoha hackerských metod s možností dalšího vylepšování. Syndicate představuje mix dynamické, futuristické akční střílečky s příběhem, v němž hlavní roli hraje právě možnost hackování prostřednictvím vyspělého čipu v unikátním digitálním světě.